如何用DNA序列重建演化关系

littlepenguin

回复 40# 一实相印


   我几时说过g和h是f分出来的?

我是说最后两个和全面几个相差太大。

我几时讲过要推翻封闭系统的假设，是你给的答案自己推翻封闭系统的假设。你把你讲的东西说成我讲的东西，你又来玩文字游戏，你不会“闲”的吗？

一实相印

回复 41# littlepenguin

如果您认为G和H不是和F共祖。您的图得重画，因为您的图显示G和H从F分出來。

littlepenguin

回复 42# 一实相印


   你真的很无聊。你有完没完。

一实相印

回复 43# littlepenguin

您画演化树以前得先比对。没比对就会出现这种图。

您觉的无聊可以走。没人留您。

littlepenguin

回复 44# 一实相印


   你真的很变态，你到底有没有看我写的东西，你根本就活在自己的世界里。

现在又叫人家走人，你真的有够无聊的。

一实相印

回复 45# littlepenguin

图画错了结论就错了。先用电脑把所有的DNA序列比对，然后才用比对过的序列建树。

littlepenguin

回复 46# 一实相印


   你真的是活在自己的世界里，我画什么鬼，我哪有下那样的结论，变态。

一实相印

回复 47# littlepenguin

我已告诉您正确画图的方法。跟不跟由您。

一实相印

回复 18# puangenlun

原来邀请一位网友来这里讨论演化论。但他竟然无理诽谤，还分身扭曲科学事实。实为论坛的不幸。

还没答题以前让我先厘清被扭曲的几点：

1）ＤＮＡ序列可用在不同的科学领域包括物种分类、演化推测、鉴证学等。用ＤＮＡ的分子科学日新月异，尤其现在是基因组（ｇｅｎｏｍｉｃ）时代，涉及的层面非常广。

2）物种分类或演化推测里面从来不直接比较两个生物。不会有“人类和老鼠，基因相近，却不能group在一起”的情况。您不会直接用人和老鼠比较。在画树的时侯如果您放“人”、“鼠”、“虫”时，人和鼠会被放在一组。但如果您用“人”、“鼠”、“猴”，人和鼠就被分开。所以做科学分析要看您要问的问题，才能决定用的方法和材料。

3）那位网友用眼睛就看出G和H不同而懂得说假设不对。但他不懂得演化计算，画了一个错的图。G和H变成是从F的共祖分出來。非常错误。

原来这一题是要学生根据自己的想法画演化树。我現在直接用电脑画出來。我的方法是 neighbour joining。还有很多其它的方法。

这一题要让学生自己发现几个结论：

1）科学的方法是先立一个假设，然后做分析，然后看假设对不对。如果假设对－接受，如果假设不对－推翻，如果假设稍微不同－修改假设。所以不用执着开始的“封闭系统”的假设。湖里的鱼经过了演化变为两支。学生如果看的清楚的话应该会发现两支(A-F和G-H)的差别很大。所以可以推测有一支可能是还有另一个人来放的（推翻封闭假设），也可能因为某种原因突变率变了（维持封闭假设）。

2）A-F那一支其实有两个支（演化树看不出来）。有一个支的突变点在前端，另一支的突变点集中在后段。所以使用这两支的保留讯息可以知道A-F的共祖是（AATCGGATCCGTGGAATGCAGGTGA）。这个共祖已不存在。

3）有些序列的差别是物种内部的多样性。有些序列的差别却是两个物种的差别。

斷羽鳥

好不容易在这里看到有讨论价值的帖 。。。这么变成酱子去啊？ 。。。

一实相印

回复 50# 斷羽鳥

对不起。之前邀请一位网友讨论。怎么知道他做了这些事情。如果您有兴趣的话，可以继续讨论。